さぁというわけで永田町駅。ご覧のとおりここは半蔵門線ホームをブリッジにして、後々で乗り換えに使う赤坂見附駅とラッチ内接続してます。なのですわ複乗かとなりそうですが、「後から開業した線によりラッチ内乗換可化した駅どうし」については、それぞれを１度ずつ通過しても複乗とみなさない非明文ルールがあるらしく（ソースは質問への回答）、今回についても問題ないようです。
なおこのルール、「異名駅は乗り換える場合は同一駅扱い、乗り換えなければ別駅扱い」と説明される場合がありますが、「今は同名だがかつては乗換不可な異名駅だった」銀座線と丸ノ内線の銀座駅について上記ルールが適用されるのか否かが不明なので、その妥当性についても不明です。ちなみに今回の最長ルート算出においては銀座駅は同一視しています。