JR東日本に問い合わせてみたところ、JRと東京メトロの乗り換え駅はすべて「別の駅」であり、各々の社内での経路がそれらの駅で交わっても問題ない、との回答が得られましたので、今日のメインテーマ＝前橋→茅ヶ崎間のグリーン車乗車でJRの駅を通過する恵比寿を、今こうして日比谷線で通過いたしました('-^*)/
なおこれ、厳密には東京メトロの見解も確認する必要があります（すでに質問は投げてありますが未回答）が、一方の回答が得られているため、万が一問題になった場合はそれを根拠にした強行突破（ある意味、SWAさんの最長片道きっぷの新下関-吉塚間乗車みたいなもの）であります(^_^;)